薪酬未能與市場接軌。薪酬制度與市場經濟對接方面存在兩個問題。其一，完全市場化的企業應當是根據勞動力市場的供求特征來調節自身的薪酬結構，其薪酬的支付應該是動態的，在供求平衡點附近移動的。但是我國的國有企業，大多還是按照自身的節奏來對薪資狀況進行調整，甚至有些崗位的工資已經固化，造成自然壟斷型企業的薪酬常年高于市場均衡水平。其二，不同的國有企業共用一套薪酬結構。不同地域、不同行業的國企均將工資劃分為職位工資、技能工資、績效工資三項，而難以作出因地制宜的調節，容易造成企業薪資與所處的經濟生態圈市場環境差異很大，更難以形成對職工的有效激勵。

績效考核制度有待加強。績效考核也是人力資源管理的核心概念，到目前為止，已在全國范圍內普及了國有企業的績效考核制度。但是，由于基層國企領導干部和職工的思想沒有隨著考核制度的應用而發生改變，出于“一團和氣”的考慮，績效考核輪流坐莊或平均主義的情況十分普遍，使得考核流于形式，考核的結果自然不能反映企業內部的真實情況與每位員工的貢獻多少，績效工資就成為了輪流坐莊的結果，無法對職工形成有效的激勵。在一些國企，績效工資甚至是以幾人名義領取，所有人平分，這種情況下，績效考核淪為了職工領取補貼的程序。

分配科目復雜，薪酬體系臃腫。薪酬體系臃腫也是國有企業普遍存在的問題之一，很多國企員工的收入既包含國家規定的薪資，又含有企業單獨的福利政策，名目繁多，科目復雜，員工難以知道每項收入的緣由，只知道總的數字。這樣，員工不能切實了解到某月工資總量上升或下調的原因，自然無從堅持或更正某一行為，薪酬模式的導向不明一方面造成了企業剛性成本的增加，另一方面也降低了對員工的激勵效度。

這一問題雖非國有企業所獨有，但在國有企業之中卻較為典型，具體原因如下：第一，許多國有企業都是由政府部門改制過來的，雖在結構上進行了調整，基本符合現代企業制度，但員工的思想意識與業務能力還沒有跟進市場化的模式，薪資的安排也出現了行政化與市場化兩種方向同時存在的問題。

第二，國有企業出于平衡各種關系的需要，在薪資安排上既要體現國家規定，又要表征行業特征；既要契合地區經濟環境，又要體現企業對員工的關懷，以此來表達對各方面的重視，這就直接增加了薪酬與福利的數目。

第三，盲目跟風，缺乏統籌。近年來，各種行業協會在企業發展中起到越來越重要的作用，同行業間的比較與溝通的機會也多了起來，少數國有企業在與私營或合資企業的交流過程中，發現較好的薪資激勵方式，就直接引入到自身管理當中，沒有進行充分的可行性分析，這就直接造成了薪資劃分的細碎，令員工不知其激勵的目標所在。甚至還有部分空降的薪資制度因水土不服而在實施過程中夭折，造成了人力、物力與時間的浪費。除上所屬問題與困境外，國有企業薪酬體制還存在著績效工資主觀分配，薪酬激勵通道單一，“人情”觀念等問題，亟待解決。